Sa mission est de soutenir le ministre de la Santé et des Services sociaux du Québec, les autorités régionales de santé publique ainsi que les établissements dans l'exercice de leurs responsabilités, en rendant disponibles son expertise et ses services spécialisés de laboratoire et de dépistage. Ils sont également appelés à desservir d'autres acteurs, tels que les autres ministères et organismes gouvernementaux, les milieux de l'enseignement et de la recherche, les organismes canadiens et internationaux en santé publique, les milieux autochtones, le secteur privé et le grand public.
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